爱滋病发后的症状相当复杂，如果简单地依引起症状的原因来分，可大致分为三类：一是因免疫系统受损，所引起的各种伺机性感染；二是伴随而生的肿瘤；三是因神经系统受侵犯所引起的神经精神症状。
一、伺机性感染
这是对爱滋病人最具生命威胁的一种并发症，其中又以肺囊虫肺炎最为严重。在欧美国家一半以上的爱滋病人曾得到这种感染，刚开始病人会有呼吸困难、咳嗽、发烧、缺氧等症状，而且病情进展很快，如果不加以治疗，很容易因为呼吸衰竭而死亡。这种肺炎早期治疗或预防的疗效不错，但是很容易再发，难以根治。一般而言，得到肺囊虫肺炎时，病人的免疫机能已经完全崩溃了，很难再活过两年以上。
虽然肺囊虫肺炎在美国的爱滋病人身上相当常见，台湾也不少，但全世界为数最多的爱滋病伺机性感染则是肺结核病。由于抗药性肺结核菌与爱滋病人日益增多，肺结核病在可预见的未来将会再次严重威胁人类社会的健康。
其他的伺机性感染相当的多，如：口腔白色念珠菌的感染；弓形虫感染侵犯到脑部引起的脑部症状，像是严重的头痛、痉攀、昏睡等；带状疹、单纯疹引起的皮肤病变；隐孢子虫感染引起严重的下痢；以及巨细胞病毒感染引起的视网膜病变，造成失明等等，不胜枚举。
二、伴随而生的肿瘤
爱滋病发现以后，卡波西肉瘤（这原本是在地中海地区的男性老人较常见的一种肿瘤）的病例数就突然大量增加，多发生于同性恋者的身上，1990年以后，只有15%的同性恋爱滋病人会有卡波西肉瘤。爱滋病的卡波西肉瘤可以发生于皮肤的任何部位，而且不会只长在一个地方，甚至会长到皮肤以外的地方去，像是淋巴腺与消化道器官等等。皮肤上的卡波西肉瘤颜色通常是红色的，也可以是粉红色或紫色，形状长长圆圆的，颜色会随着时间而变深。卡波西肉瘤通常不会致命，如果有疼痛性的溃疡，出血或是造成不雅观的外貌，才需要加以治疗。
三、神经系统受侵犯所引起的症状
爱滋病毒也会侵犯到脑部，造成神经系统受损，出现记忆力丧失、精神错乱痴、判断力有障碍、痴呆或是性格改变等等的症状。因为这些由爱滋病毒引起的神经系统症状相当常见，国外对于年轻的神经精神病人常会做爱滋病毒的血液检查。
