本病是由苍白螺旋体即梅毒螺旋体引起的梅毒螺旋体是一种非常复杂的微生物，含有很多抗原物质。电镜下梅毒螺旋体的最外层为外膜外膜内是胞浆膜，两者之间是鞭毛。
梅毒螺旋体从完整的粘膜和擦伤的皮肤进入人体后经数小时侵入附近淋巴结，2-3日经血液循环播散全身。
梅毒侵入人体后经过2-3周潜伏期(称第一潜伏期)，即发生皮肤损害(典型损害为硬下疳)这是一期梅毒。发生皮肤损害后机体产生抗体，从兔实验性梅毒的研究证明，梅毒初期的组织学特征是单核细胞侵润在感染的第6天，即有淋巴细胞浸润，13天达高峰随之巨噬细胞出现，病灶中浸润的淋巴细胞以T细胞为主，此时梅毒螺旋体见于硬下疳中的上皮细胞间隙中，以及位于上皮细胞的内陷或吞噬体内，或成纤维细胞浆细胞、小的毛细血管内皮细胞之间及淋巴管和局部淋巴结中。由于免疫的作用使梅毒螺旋体迅速地从病灶中消除，在感染的第24天后，免疫荧光检测未发现梅毒螺旋体的存在螺旋体大部分被杀死，硬下疳自然消失，进入无症状的潜伏期此即一期潜伏梅毒。潜伏梅毒过去主要用血清试验来检测，现在应用基因诊断能快速准确的检测出来。
未被杀灭的螺旋体仍在机体内繁殖大约经6-8周，大量螺旋体进入血液循环，向全身播散引起二期早发梅毒，皮肤粘膜、骨骼眼等器官及神经系统受损。二期梅毒的螺旋体在许多组织中可以见到，如皮疹内淋巴结、眼球的房水和脑脊液中，随着机体免疫应答反应的建立产生大量的抗体，螺旋体又绝大部分被杀死，二期早发梅毒也自然消失再进入潜伏状态，此时称为二期潜伏梅毒。这时临床虽无症状但残存的螺旋体可有机会再繁殖，当机体抵抗力下降时，螺旋体再次进入血液循环发生二期复发梅毒。在抗生素问世之前，可以经历一次或多次全身或局部的皮肤粘膜复发且90%的复发是在发病后第一年中。以后随着机体免疫的消长，病情活动与潜伏交替当机体免疫力增强时，则使螺旋体变为颗粒形或球形。当免疫力下降时螺旋体又侵犯体内一些部位而复发，如此不断反复，2年后约有30%-40%病人进入晚期梅毒
在晚期梅毒中出现典型的树胶样肿，如无任何症状，胸部心血管透视检查和脑脊液检查阴性，而仅有梅毒血清试验阳性，此时PCR检测也呈阳性则称为晚期潜伏梅毒。晚期梅毒常常侵犯皮肤粘膜、骨骼心血管、神经系统。也有部分病人梅毒血清滴度下降最后转阴，PCR检测阴性，而自然痊愈
以上所述是未经过任何治疗的典型变化但是由于免疫差异与治疗的影响，临床表现差异较大，有的病人可以终身潜伏有的仅有一期表现而无二期症状，或仅有三期梅毒症状。
