软下疳不经治疗的自然病程可持续数月，小的病损可在2-4周内愈合。但是人体对软下疳病原体——杜克雷氏嗜血杆菌不会产生抗体，所以会再次感染，无法根治。很多认为
软下疳复发的情况实际上是再次被杜克雷氏嗜血杆菌感染，而不是没有治愈。
软下疳自愈的机理一般认为是杜克雷氏嗜血杆菌感染时，
软下疳自愈机体可产生非特异性免疫反应和特异性免疫反应。作为机体天然屏障的皮肤和粘膜有一定的杀菌作用。巨噬细胞有对细胞的吞噬作用。体液中的补体、溶菌酶和备解素等可抑菌、杀菌或加强吞噬细胞的吞噬作用。体液免疫和细胞免疫反应可能对杀死杜克雷氏嗜血杆菌有一定的作用。因此，许多病人可以不经任何治疗而自愈。
如无并发症，一般溃疡经3-8周可自限性愈合，遗留浅疤痕。
典型的软下疳的初发损害是在病原菌侵入部位发生炎症性水
丘疹绕以红晕、
软下疳自愈有压痛，其中心迅速演变为小脓疱，并破溃形成疼痛性浅溃疡。有时初发损害表现为
阴茎包皮水肿和嵌顿包茎。
男性软下疳的好发部位有：包皮、冠状沟、
阴茎系带、
龟头和尿道口，软下疳自愈阴囊和生殖器周围的皮肤、会阴和大腿，此外偶有见于肛门者。被
软下疳病原体——杜克雷氏嗜血杆菌感染后的潜伏期平均2-3天。大部分病例约在1周以内，有时少数病例可在数周以后发病。
