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传染源是有症状或无症状的感染者。在成人中,生殖道衣原体感染的传染途径通常是性接触。生殖道衣原体感染可持续相当长时间,有的可达数年。因此,有时可在感染后很长时间才突然出现症状。在儿童中,生殖道衣原体感染的传染途径较复杂,可能存在间接接触传播、经母亲感染的产道时传染和性虐待造成。
生殖道沙眼衣原体感染的危险因素为多性伴、既往有性病史和现在患有其它性病。性病患者、卖淫妇女及嫖客是沙眼衣原体感染的高危人群。在卖淫妇女中,生殖道沙眼衣原体感染率可高达20%以上。