一般来讲，容易与生殖器疱疹混淆的疾病主要有以下几种：
1、龟头包皮炎：初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
2、下疳：为硬性溃疡，边缘整齐。
3、定红斑性药疹：常常由于一些药物引起的。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有复发，要仔细地询问病史。
4、 急性化脓性尿道炎：也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。
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