生殖器疱疹症状的初次发作，通常发生在感染后2-10天内，症状一般持续2-3周。初次发作时，如果不经过治疗，患处一般会发作（即发红、刺痒、也可能疼痛）1-2周，然后再经过7-10天会完全愈合，所以从发作到愈合的整个过程一般在2-4周。复发症状的周期会更短，典型的一般在7-14天。初发的症状有非常多种形式，包括:发生在阴茎、阴道、宫颈、肛门、臀部或者极少数情况下身体的其他任何部位上的水泡或溃疡。经常是首先出现一个小的红色的丘疹，然后发展成为水泡，继而变得疼痛，发生溃疡。经过几天后，溃疡会结痂，最后直至愈合。在比较潮湿的区域，如阴道口、阴唇或肛周附近，痛处会发展得较快并且很快发展成感觉很疼痛的表面溃疡。初次发作通常也会引起双侧的症状，即在生殖器官、肛周地区等两侧都都有症状，并且腹股沟附近两侧的淋巴管可能会肿胀。而复发则一般都只发生在一侧，并且通常不会发生淋巴肿胀的现象。通常症状非常轻微或者没有特别的感觉，比如发痒、疼痛、象类似轻微擦伤的皮损，或排尿时疼痛，因此疱疹很容易被误认为其他问题，例如霉菌感染，股癣、尿道感染或其他类似问题。不是所有感染生殖器疱疹的人都有这些症状，很多人根本没有一点症状。然而，所有因HSV-2病毒感染生殖器疱疹的人都有“无症状排毒”期，在“无症状排毒”期内他们将可能传染给他们以前尚未被传染的性伴侣。
