原发性生殖器疱疹潜伏期为2～7天，即在2～7天前有不洁性交。 由于在性交中，局部粘膜有很小的损伤，生殖器疱疹病毒进入局部粘膜，引起感染。原发损害为1个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合。
由于人体对它还没有任何免疫力，初次发生疱疹一般较大，疼痛也明显。
