粘液腺癌占大多数，一般认为癌变与长期慢性炎症的刺激有关。硬结形成，粘液分泌及疼痛常为癌变的先兆。10年以上者癌变率较高，值得人们引起高度的重视。由此，积极治疗肛瘘，可以预防直肠癌的发生。
早在1936～1955年，mark医院曾发现肛瘘并有直肠胶样癌8例；1966年heidenreich综合欧美文献，肛瘘并有肛门直肠癌者131例，多数是粘液腺癌；1981年日本大肠癌研究会统计，日本全国已发现的肛瘘癌变，肛瘘持续5年以上者95例，10年以上者80例。
肛瘘能转变成癌症。肛瘘合并肛门直肠癌的病例近年来不断增多。
