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一般认为,对甲氧西林耐药的菌株,对所有β-内酰胺抗生素均有抵抗力.在许多医院,此类菌株占医院获得性葡萄球菌的30%~40%,而仅占社区获得性感染的5%.如怀疑或经体外药敏试验证明对甲氧西林耐药,一般用万古霉素.常用剂量为1g静脉注射,每12小时1次;有肾功能衰竭时适当调整用量.
大多数金黄色葡萄球菌产生青霉素酶,且对甲氧西林的耐药性正在增加.一般主张用一种能抗青霉素酶的青霉素(如苯唑西林或萘夫西林2g,静脉注射,每4~6小时1次.另一类主要药物是头孢菌素:常用的为头孢噻吩或头孢孟多2g,静脉注射,每4~6小时1次,头孢唑啉0.5~1.0g,静脉注射,每8小时1次,或头孢呋辛750mg,静脉注射,每6~8小时1次.第三代头孢菌素的效果不如第一代或第二代制剂.林可霉素600mg静脉注射,每6~8小时1次对90%~95%菌株有效.