通常人们吃菠菜都是把洗净的菠菜直接扔进锅里，或者做汤吃，专家认为这样食用不科学。
专家说，在所有的食物中菠菜的草酸含量最高，而草酸容易和人体内的钙结合成不溶性的草酸钙。草酸钙不但不能被人体吸收利用，而且还妨碍人体对钙的吸收，因此食用菠菜时烹饪方法至关重要。
菠菜的烹饪方法很多，但直接炒着吃、做汤吃都是不对的。
对孕妇来说，为了预防菠菜对人体的不利因素，预防结石的形成，以及影响对钙的吸收，在烹饪菠菜时最好用开水焯一下。
经过水焯后，大部分的草酸可以释出，此时把水倒掉，捞出菠菜，或凉拌或炒，都可以在一定程度上减少草酸的破坏作用。此外，还应该注意正在服用钙片的人，最好少吃或不吃菠菜。菠菜含有食物纤维，能够解毒通窍，所以有滑肠的作用，腹泻的时候最好也不要吃。
菠菜所含的草酸对泌尿道结石患者来说也是大忌，有可能加重病情，所以如果患有泌尿系结石，最好能控制食用菠菜。