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陕西株GBV-C/HGV RNA NS3区cDNA的序列分析


www.cnkang.com  2007-3-20  中华康网

  应用反转录及套式PCR 技术, 从陕西省西安市两位非甲~戊型急性肝炎患者的血清中提取RNA,经特异性的反转录引物P4反转录成cDNA ,以此为模板分别用P3,P4及P1,P2两对引物进行PCR扩增,扩增到218bp(4248nt~4465nt )的HGV RNA NS3区部分基因,将其克隆人PinPointTMXal-T载体,挑选阳性克隆并进行了序列分析,结果表明SG2与HGV的核苷酸同源性分别为85.64%与84.48%;与GBV-C 的核苷酸同源性为86.21%与84.48%,其二者之间的核苷酸同源性为97.13%,二者与HGV的氨基酸的同源性分别为98.28%和93.10%,与GBV-C的氨基酸同源性为98.28%,93.10%,二者之间的氨基酸同源性则达到了94.83%。 通过与汪太兴等人分离出的序列结果进行比较,我们认为来自于同一地理区域的分离株往往同源性较高。另一方面,结果也提示了国内各省区之间病毒株的变异。通过对核苷酸突变和氨基酸同义突变情况的分析来看,同义突变率均在80%以上,且分布比较均匀。同时我们从SG2,SG3与HGV,GBV-C的较高的氨基酸同源性(98.28 %、93.10%)可以看出,HGV基因组的变异率要比HCV低得多, 其蛋白序列则更为保守,它很可能是一种对其生活环境(即人体)更为适应的病毒。有关GBV-C/HGV 的许多问题尚待探索,陕西株部分HGV/GBV-C的核苷酸序列分析, 将对今后HGV/GBV-C的分子生物学研究以及诊断试剂的研制有一定参考意义。

 

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