上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，2005年 上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，属三级综合性医院)资源整合，南北院区，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。(以下简称“九院” )

九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区(制造局路639号)、北部院区(漠河路280号)、浦东院区(高科西路1908号)和浦东科教园区( 锦尊路115号)。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。

九院总占地面积127.9亩，总建筑面积25万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工4846人。九院拥有5位中国工程院院士：着名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴怼戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。