临床上对每种疾病的明确诊断都要求有充分的诊断依据。诊断依据主要包括症状、体征、辅助检查三个方面，胆石症的诊断也要符合上述要求。胆石症是笼统的说法，具体包括胆囊结石和胆管结石。胆囊结石的诊断有典型上腹痛或伴有恶心、呕吐、上腹部压痛、墨菲氏征阳性，以及超声检查发现胆囊内有强回声，随体位改变而移动，其后有声影，即可确诊为结石性胆囊炎，CT、磁共振也可以显示胆囊结石。胆管结石合并胆管炎时有典型的夏科氏三联征，即腹痛、寒热、黄疸，并发化脓性胆管炎时还会出现休克和精神症状，称为夏科式五联征。ERCP或者MRCP以及CT检查，有助于胆管结石的诊断。