海绵体萎缩的原因主要是阴茎海绵体供血不足或雄激素缺乏。阴茎海绵体缺少供血时可引起其萎缩，而雄激素为刺激阴茎发育的动力，如果雄激素缺乏，阴茎海绵体亦可萎缩，阴茎会变小。外伤亦可导致阴茎海绵体纤维化，引起阴茎海绵体硬结症，因阴茎海绵体出现纤维硬结，供血不佳时阴茎有时可出现弯曲，从而出现阴茎海绵体萎缩。除外，炎症亦可引起阴茎海绵体纤维组织增生，血管弹性变差，从而出现阴茎海绵体萎缩。还有长期阴茎不勃起，亦可引起阴茎海绵体废用性萎缩。