龟头上长水疱的原因包括以下几种：1、真菌感染：最为常见，病人发生白色念珠菌性龟头炎时会在龟头黏膜表面形成水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成局部糜烂、破损、脱皮、瘙痒症状；2、龟头湿疹：病人发生龟头湿疹时会在龟头黏膜表面形成集簇样小水疱改变，表面糜烂，还会出现局部渗液、瘙痒症状；3、生殖器疱疹病毒感染：病人发生生殖器疱疹病毒感染时会在龟头表面形成多个散在的大水疱，水疱破裂后会形成局部疼痛症状，还会出现局部渗液、瘙痒症状。病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科或男科就医，通过规范的检查和治疗，多数病人龟头上长水疱症状会明显好转，病人在治疗期间还应大量饮水。