阴囊上有小疙瘩原因包括以下几种：1、阴囊皮肤毛囊感染：阴囊皮肤表面形成红色小丘疹症状，表面红肿热，触碰时有疼痛症状；2、阴囊皮肤扁平疣：阴囊皮肤多发小疙瘩，通常不伴有疼痛或瘙痒，质地较硬，做病理检查时会发现有HPV感染；3、阴囊湿疹：阴囊皮肤多发小丘疹症状，表面水疱呈集簇样改变，伴有局部糜烂或局部瘙痒症状；4、阴囊真菌感染：病人发生白色念珠菌感染时也会形成阴囊皮肤出现红疹症状，红疹呈小疙瘩状，伴有水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成局部糜烂、脱皮症状，常常伴有瘙痒症状。