乙肝患者使用干扰素后的转阴的时间并不确定，根据个体不同而不同。因为转阴涉及HBV-DNA的阴转，即DNA从阳性转成阴性，以及e抗原的阴转。在e抗原阴转后，且产生e抗体，称为e抗原的血清学转换。还有表面抗原的阴转，能够达到表面抗原的阴转，甚至是表面抗体的产生，此时乙肝就称为临床治愈。若个体HBV-DNA的滴度相对较高，如108IU/m左右，与HBV-DNA是105IU/m的人相比较，阴转几率相对较低，所花的时间相对较长，甚至部分患者应用干扰素过程，亦不能够完全转阴。以及e抗原的阴转和表面抗原的阴转，若想达到转阴，争取能够优选部分人群，如e抗原滴度相对较低的状态下，还有表面抗原相对亦较低的状态下，如表面抗原＜1500IU/ml的患者，应用干扰素治疗，阴转几率相对较大。此外可先用口服的核苷类药物进行治疗，达到治疗标准后，再应用干扰素治疗，才有可能能够转阴。