尿道下裂手术是唯一的治疗方法，手术方式有多种，但总体效果不尽人意，因尿瘘、尿道狭窄、尿道憩室、阴茎下曲矫正不良等并发症的发生率较高。其中，最常见的为尿瘘，若瘘口较大，自愈的可能性较小，主张半年后到医院进行尿瘘的修补。部分瘘口在排尿时应稍微堵一下，使其从正常的尿道口排出，以减轻尿道瘘口的张力。此外，少部分较小的瘘口有自愈的可能。