生殖器疱疹患者感染临床症状往往不太典型，目前1/3的患者感染单纯疱疹病毒Ⅱ型时会出现临床症状，这部分人的潜伏期两天到两周不等。生殖器疱疹感染之后，后期存在反复发作的过程，潜伏期跟患者接触的诱因和身体的免疫状态有关，一年四次或十几次都有可能。生殖器疱疹感染的患者，在无临床症状期和复发性生殖器疱疹患者的间歇期，都可以存在无症状排毒，仍然有传染性。在这个期间，病毒学检测不一定能完全检测出病毒DNA，对于性伴侣有传染的风险。在患者没有临床症状前，可以通过检测血清学疱疹病毒抗体来初步筛查是否感染疱疹病毒。