两边太阳穴疼痛的原因，具体如下：1、原发性头痛：如偏头痛、紧张性头痛，均是无特定器质性病变的疼痛，特点是病史可能很长、间断出现，发作一次持续几天，有些人睡一觉第二天可以自愈，是良性特发性头痛；2、继发性头疼：可以继发于全身系统性疾病，也可以继发于颅内外的器质性疾病，两侧的太阳穴头疼，比如发烧、高血压病、各种代谢中毒性脑病、颞动脉炎、脑部穿透伤、硬膜下血肿，颅内器质性病变，比如脑炎、脑膜炎、蛛网膜下腔出血、静脉窦的血栓形成、肿瘤等都可以引起头痛。