ERCP用于治疗肝胆和胰腺疾病，主要适应症是肝外胆管结石，外科手术误伤胆道之后引起的胆瘘，或者外科胆囊切除后，部分胆囊结石掉入胆管内部。另外，还有急性胆源性胰腺炎或者胆道狭窄需要做扩张以及支架置入，以及阻塞性黄疸，如胆管癌、胰头癌、十二指肠乳头癌等，而且还包括胰管结石、胰管狭窄等，上述是最常见的适应症。而较少见的适应症，包括外伤引起胆管、胰管的损伤，也可以进行ERCP的治疗。随着医疗器械的发展，现在用Spyglass系统，即在十二指肠镜里面再套一个胆道镜，可以把胆道镜放入到胆管内部，可以更明显的观察胆管里面的病变，如怀疑内部有无肿瘤，可以进行活检。以前的ERCP无法做到，对于较大的结石，还可以进行钬激光碎石。