肠道菌群失调恢复时间因人而异，对于年轻人出现肠道菌群失调较少见，若出现炎症性肠病，易出现肠道菌群失调，此时加用益生菌，如双歧杆菌或地衣芽孢杆菌等，肠道菌群失调可能较快恢复。老年人出现肠道菌群失调，常由于服用抗生素导致，包括治疗肺部感染或泌尿系感染的抗生素，均可引起肠道菌群失调。如果轻度肠道菌群失调，给予益生菌可较快缓解，但部分人可能出现伪膜性肠炎，甚至有黏液血便，通常需要治疗2-3周。部分患者可能出现顽固性伪膜性肠炎，序贯治疗可能需要数月时间。对于老年人，甚至合并其他基础疾病的患者，可能需要较长时间进行治疗，恢复时间比较长。