男人阴茎短小的处理办法，主要有以下几个方法：1、激素治疗：对于年龄比较小的患者，可以通过检测，观察男性发生阴茎短小，是否有雄性激素代谢的原因，雄激素水平偏低可能跟睾丸发育有关，或者是染色体的问题。因为染色体畸形，如X、XY，也可以表现为男性形式，但是阴茎发育会比较差。如果有明确的激素代谢问题，可以通过补充雄激素，使阴茎进一步发育、变大；2、手术治疗：对于部分已经成年而且激素水平表面比较正常的男性，可以通过整形、美容手术的方式使阴茎进一步发育、变大，如阴茎延长、扩大手术，但手术治疗创伤性比较大。