胱氨酸结石可以选择药物治疗、体外冲击波碎石治疗以及手术治疗，具体如下：1、药物治疗：胱氨酸结石药物治疗需要保持24小时尿量在3000mL以上，口服枸橼酸氢钾钠或碳酸氢钠，维持尿液PH值在7.5以上。尿胱氨酸排泄24小时超过3mmol/L时，可以应用硫普罗宁或卡托普利；2、手术治疗：手术治疗与其他成分的结石治疗方法相同，可以选择输尿管镜手术或经皮肾镜手术；3、体外冲击波碎石：对治疗胱氨酸结石有一定价值。