男孩小肚子疼的原因主要包括以下几种：1、阑尾炎：疼痛主要集中在右下腹的麦氏点，即肚脐与髂前上棘连线中外1/3的交点，患儿还可伴有恶心、呕吐、发热等表现，此时需要检查血常规，明确白细胞、中性粒细胞是否增多，还可通过彩超检查观察阑尾炎是否存在水肿。如果确诊为阑尾炎，需进行抗感染治疗甚至手术治疗；2、肠梗阻：男孩出现肚子胀的同时没有排便、排气，可以用开塞露促进排便，大部分男孩在排便后肚子疼的症状会明显缓解；3、急性膀胱炎：如果男孩在出现肚子疼的同时有尿急、尿频、尿痛等现象，可以通过尿常规检查以及彩超明确膀胱壁是否增厚，并根据不同病因对症处理。