鱼肝油不适合对鱼肝油过敏的人群服用，另外高钙血症、高磷血症伴有肾性佝偻病、肾功能不佳、慢性肾衰的患者也不适合服用。在儿童时期，鱼肝油作为预防和治疗佝偻病的药物，原来最早是应用于儿童。但近些年发现鱼肝油中维生素A含量较高，正常服用会造成部分儿童维生素A中毒的可能，所以目前儿童不常规服用鱼肝油。目前替代药物为人工制作的维生素D3制剂或维生素AD制剂，来补充维生素D以预防佝偻病。大量服用鱼肝油除引起维生素A中毒外，也可以造成维生素D中毒，因为维生素A和维生素D属于脂溶性维生素，特点是服用过多后可在身体内蓄积，蓄积到一定程度时可出现中毒症状。