肩胛骨深处疼痛的常见原因，包括肩胛骨肿瘤、肋骨骨折、肋间肌肉损伤等，具体情况如下：1、肩胛骨肿瘤：肩胛骨发生肿瘤，可以引起局部组织受压，导致肩胛骨渗出疼痛，同时会伴有肩胛骨活动障碍，拍摄CT能够进一步确诊；2、肋骨骨折：肩胛骨深处有肋骨存在，如果肋骨发生骨折，也会导致肩胛骨深处疼痛，并伴有呼吸困难，胸廓挤压试验为阳性；3、肋间肌肉损伤：如果患者在运动过程中发生肋间肌肉的损伤，会引起局部组织水肿，肩胛骨深处也会有疼痛，并伴有轻度的呼吸活动障碍。综上所述，肩胛骨深处疼痛的具体病因，可以咨询骨科门诊医生，由专科医生为患者进行详细检查。要明确疼痛的具体部位范围，通过影像学检查综合分析判断。同时也不能忽略其他内脏疾病，如冠心病、胆囊炎、胆管炎、胆管癌以及肝癌等疾病，需要进行CT等检查。