同房时肚子痛最常见的原因有两种，一种是盆腔子宫内膜异位症，另一种是盆腔炎，需要通过妇科检查和B超检查作出鉴别，具体分析如下：1、盆腔子宫内膜异位症：一般是子宫内膜组织通过经血逆流，种植在盆腔或卵巢表面引起，患者有具体的体征，查体会发现阴道后穹窿部位或子宫骶韧带部位有触痛结节，如果同房时碰到触痛结节，会引起明显腹痛，对于子宫内膜异位症需要特异治疗，必要时要手术切除病灶，有时也可以选择药物治疗，比如米非司酮、短效口服避孕药或上曼月乐环等；2、盆腔炎：盆腔炎是盆腔感染性疾病，查体时会发现子宫压痛或附件区增厚、压痛，是盆腔炎的特异体征，同房时如果触碰到宫颈，会引起子宫前、后或左、右摆动，引起性交痛。对于盆腔炎，需要给予抗生素抗感染治疗，通常需要结合活血化瘀类中药治疗。