雌激素六项检查的时间，需要根据检查的目的来选择合理的时间，主要有以下目的：1、检查卵巢功能：如果是计划判断卵巢功能情况，则通常是在月经期进行检查，或者在月经8天之内，这时都属于卵泡期，可以做内分泌六项检查。可以检查雌激素的水平，包括FSH(卵泡刺激素)的水平，来判断卵巢功能；2、检查是否排卵：如果激素六项检查目的为是否排卵，检查时间需要在月经的后半期即月经之前做检查，主要检查孕酮的水平是否升高，来判断是否排卵；3、其他检查：另外也可以检查高雄激素血症、高泌乳素血症，而且在任何时间都可以查。