小便时尿道刺痛、有血的主要原因有以下几种：1、尿道感染：多数是细菌感染导致，这时细菌感染会导致膀胱炎、尿道炎。典型的感染症状是尿频、尿急、尿痛、血尿，所以感染是尿痛、血尿比较常见的原因；2、尿道结石：尿路系统发生结石性病变，当结石已经到达膀胱或者尿道部位时，较小的结石堵塞在尿道，病人出现排尿时刺痛，如果石头划破尿道黏膜也可能会导致血尿。