男性生殖器疱疹通常由单纯疱疹病毒2型引起，但单纯疱疹病毒2型和单纯疱疹病毒1型都可能引起生殖器疱疹。研究调查显示，约80%-90%的生殖器疱疹由单纯疱疹病毒2型引起，约10%-20%的生殖器疱疹由单纯疱疹病毒1型引起，同时调查发现，约80%-90%的口唇周围疱疹由单纯疱疹病毒1型引起，所以这两种病毒和疾病之间存在一定程度的交叉性。生殖器疱疹多由单纯疱疹病毒引起，但其它原因也可导致生殖器疱疹，如外阴部位的带状疱疹病毒，但其诊断为带状疱疹，而非生殖器疱疹。