根尖囊肿首选手术治疗，因为只有手术的切除才是最彻底的治疗方法，同时要看囊肿波及的范围，如果单颗牙不一定手术，可以通过根管治疗后观察2-3个月,如果囊肿消失不需要进一步手术切除。如果波及的牙位较多如2-3颗，甚至4-5颗，要对患牙进行根管治疗后再对根尖的囊肿进行刮除，有的影响到颌骨也可通过引流的方法或在囊腔里面打上药物让囊肿慢慢消失，临床也会用一些保守的方法进行治疗。