低聚果糖属于益生元的范畴，虽然不能直接补充肠道内的正常细菌，但这种化学物质可促进正常肠道菌群的生长，从而达到调整肠道菌群的平衡、恢复正常肠道功能的作用。便秘的发生通常同时会伴有肠道菌群失调，因此在补充益生元制剂以后，正常的肠道菌群恢复。肠道内环境改善，患者的便秘症状可能获得相应的缓解。主要由于正常的肠道菌群代谢后可能会产生包括丁酸在内的短链脂肪酸，而短链脂肪酸可以达到刺激肠蠕动以及促进排便的作用。如果出现了便秘症状，通常建议进行饮食和生活调整，比如多吃蔬菜、水果、粗粮等富含纤维素的食物。同时注意多饮水，常选用乳果糖或者聚乙二醇等增加大便水分含量的药物进行通便对症治疗。但在通便过程中，也可以尝试包括低聚果糖在内的益生元作为辅助治疗方案。