指甲上有坑有多种可能性，具体如下：一、全身性因素：1、营养不良，微量元素、维生素缺乏，尤其是缺钙、缺锌、缺乏维生素A等，导致指甲甲母质细胞的功能出现异常，合成甲板蛋白结构发生问题，可能指甲上面有小坑。2、皮肤疾病，比如银屑病、斑秃等，可能在指甲上出现有特征性多发性顶针状小坑，称为顶针甲，有一定特异性；二、局部因素：1、外伤，指甲本身如果受到损伤后形成小坑。2、真菌感染，即甲癣、灰指甲，真菌感染甲板后，早期在指甲上形成小坑或者白色斑点，进一步破坏指甲甲板结构，甚至导致甲板出现毁损，有可能在指甲上形成坑状改变。