这类手术的难度相对较大，因为松果体位置处于大脑中最核心的位置，对器械的要求、术者经验的要求均很高。做手术切除深部肿瘤时会遇见很多重要结构，比如松果体周围有很多大的引流静脉，包括血管动脉，大脑后动脉包括脑干，属于脑中最为核心的结构。做手术时一方面要尽可能的将病灶切除，尽可能将肿瘤周围重要的结构保护好。松果体细胞瘤的手术难度比一般肿瘤较大，对器械要求、术者要求均很高，相应术后的风险比一般的患者要大很多。