临床诊断阴茎短小的标准，为阴茎疲软状态＜4cm、牵拉长度＜7cm、勃起长度＜9cm称之为阴茎短小，绝大多数男性都能够达到正常的阴茎标准。阴茎短小要与其它疾病鉴别，比如埋藏阴茎、隐匿阴茎。常见体型较肥胖的患者主诉阴茎埋到皮下的脂肪当中，主要是由于肥胖皮下耻骨脂肪垫堆积，阴茎埋藏于脂肪垫当中，并不是真正意义的阴茎短小，称之为埋藏阴茎，患者可采用减肥以及手术的方式改善阴茎的长度，要加以鉴别。