脚底痒起水疱的原因如下：1、足癣：脚底出现真菌感染性皮肤病，通俗称之为脚气，多见于夏季患者脚部多汗的人群，临床表现是脚底可以出现水疱，特别是脚趾缝或脚趾部位，由于患者穿不透气的鞋子或脚经常泡在水里，局部导致真菌感染，多见于水疱型足癣或浸渍糜烂型足癣，伴有皮肤瘙痒，真菌检查呈阳性；2、湿疹：由于足部多汗或长期捂脚导致的过敏性皮肤病。患者应该到医院经皮肤科医生的详细检查和真菌学检查，明确是真菌感染性皮肤病，还是过敏性皮肤病，并给予正确治疗。