做深蹲时膝盖疼，通常有以下几种原因：1、膝关节内炎症：过度屈膝，可以对滑膜造成挤压，产生疼痛；2、关节内结构损伤：如半月板、软骨有损伤，过度弯腿时，损伤部位靠后，便会受到挤压产生疼痛；3、软骨退变：部分青年人髌骨发育异常，活动不规律，易产生磨损，因出现髌骨软化症产生疼痛；4、中老年人关节病：骨关节产生退行性改变，以及软骨磨损，深蹲时会对髌骨产生压力，或者关节间隙产生过多压力、摩擦，进而产生疼痛。