咀嚼时耳根疼痛，主要有两种主要原因，具体内容如下：1、下颌关节炎症：即下颌关节炎，当下颌关节发生无菌性的炎症或者是急性化脓性炎症时，则会出现咀嚼时耳痛以及面部的疼痛。主要的原因为经常咀嚼较硬食物或者由于咬合关系不好所造成的下颌关节的炎症，主要的治疗办法为减少咀嚼过硬饮食，同时不能过度使用下颌关节，给予局部的抗炎软膏涂抹；2、下咽部肿瘤：即下咽癌，下咽癌为下咽部恶性肿瘤，出现咀嚼时放射性耳痛，其他症状还包括吞咽疼痛、吞咽不适以及进食困难等，晚期还会出现颈部淋巴结转移。