头疼做CT或核磁共振都可以，具体需要根据排除疾病的类型，以选择不同的检查方式。CT和核磁共振各有优缺点，CT的优点是简单、快捷，而且便宜。如果怀疑头疼是出血性的脑血管病，比如蛛网膜下腔出血或脑出血，或简单排除有无肿瘤的情况，做CT即可，CT作为一种初筛非常方便，且对急性出血也非常敏感。核磁共振的分辨率要高于CT，尤其是三维结构，能够看得更清楚，尤其是对枕骨大孔处脑干的问题，核磁共振看得更清楚。但是核磁共振贵，时间长，另外它的序列比较多，虽然对远期出血，即陈旧性出血的敏感度高，但对新鲜出血的敏感度不高。