一般脑炎是单向性病程，意味着患病痊愈后，通常不复发。但脑炎有少数称为慢性脑炎或复发性脑炎，可能是细菌或病毒没有完全清除，潜伏在体内。当某些特殊诱因，比如身体抵抗力降低等，潜伏细菌病毒可能再次过度繁殖，临床会再次发生脑炎症状。尤其某些病人，比如高龄病人、糖尿病病人、化疗病人、艾滋病人，这些病人原本是抵抗力低人群，如果第一次脑炎没被完全治愈，或相应病毒微生物没有被完全消灭，很有可能在某些情况下出现脑炎复发。