孩子打完百白破疫苗后出现发热39℃，要进行以下几部分的处理：1、积极降温：如进行物理降温，用温水擦拭身体或者直接洗温水澡，多给孩子喝温热的水，对发热39℃会有辅助降温的作用。可以适当使用退热药物，如对乙酰氨基酚或者布洛芬，对孩子都有降温的作用，要根据孩子的年龄选择不同的退热药物，根据孩子的年龄和体重使用不同的剂量，对39℃都有降温的作用；2、找到引起发热的病因：有些可能是因为注射百白破疫苗后出现一过性的发热反应，多数孩子一过性的免疫反应一般不超过38.5℃。也有个别孩子的体温可能超过39℃，但一般状态较好，没有明显的临床症状，经过药物处理或者物理降温后，体温很快下降，不会超过24小时。如果孩子发热39℃伴有临床症状，没有在24小时内就降到正常，一般考虑不是疫苗的反应，可能是在打疫苗前或者是打疫苗时孩子本身存在潜在的疾病状态，因为打疫苗，孩子的免疫状态出现反应，可能出现疾病的明显表现，从而出现发热，这时就要到医院进行检查，明确病因后对症处理。