小腹隐隐作痛，常见原因如下：1、肠管病变：腹腔脏器中小肠的病变引起小腹痛，如克罗恩病、肠结核、小肠肿瘤，其中小肠肿瘤常见的有间质瘤、小肠癌。乙状结肠和直肠有病变也会引起小腹痛，常见的有溃疡性结肠炎、直肠癌、乙状结肠癌、直肠腺瘤、乙状结肠腺瘤；2、生殖器病变：女性应考虑盆腔内的输卵管和卵巢是否有炎症、肿瘤、囊肿，子宫是否有肌瘤、内膜肿瘤等。男性应考虑前列腺及精囊腺有无肿瘤、炎症或膀胱炎、膀胱肿瘤；3、其他：小肠功能紊乱也会引起小腹隐隐作痛，可以口服治疗肠功能紊乱的药物，会取得不错的效果。