肝囊肿很难通过临床确诊，因患者很少表现出明确临床症状以及明确临床体征。肝囊肿的确诊随影像学发展而逐渐建立起来，超声检查方便、准确且价格相对较便宜，因此成为诊断肝囊肿的首选方法。超声检查肝囊肿的表现是圆形或椭圆形无回声区，囊壁较薄，边缘也很光滑。 超声可以诊断肝囊肿，若要进一步明确肝囊肿在肝脏中的位置，还要配合CT检查。CT检查表现为囊肿呈圆形，边缘清楚，密度均匀，CT值接近水样密度。对于疑难病例诊断，有时还可通过腹腔镜在直视下进行检查。对于某些特殊患者，还可对肝囊肿进行穿刺，进行细胞学检查，但这些检查都属于有创检查，应该慎重选择。