一觉醒来眼睛肿胀的原因有以下几种：1、麦粒肿：麦粒肿是一种感染性疾病，感染部位是眼睑皮肤上的腺体感染，也会造成眼皮水肿伴有疼痛，而且疼痛比较明显；2、结膜炎：结膜炎主要是由于细菌对结膜的侵袭，细菌在结膜囊经过一晚的繁殖，不断侵袭结膜，导致第二天早上水肿加重。当发现眼睛肿疼或者结膜炎时，需要及时到医院就诊，请医生对这两种疾病进行区分，再进行治疗。治疗过程当中可能需要使用消炎的眼药水，或者消炎的眼药膏，如果麦粒肿比较严重，还需要口服药物进行治疗，两种疾病经过1周的治疗，能够得到痊愈。