早上醒来手指关节疼，常见原因如下：1、类风湿性关节炎：早晨起来有手指僵硬，近侧指间关节的疼痛，多数是类风湿性关节炎。当患类风湿性关节炎时，较早出现的症状是手指关节疼痛，多数是在近侧指间关节，特点是早晨起来近侧指尖关节疼痛，有僵硬感，即晨僵，是类风湿性关节炎常见的表现；2、退行性骨关节炎：在远侧指尖关节，尤其是年龄大的老年人和女性病人，多出现关节的变形、退变，早上起来也可以有关节僵硬、疼痛；3、腱鞘炎：长期活动手指、用凉水，腱鞘组织炎症、肿胀，早起也会有疼痛、僵硬。