阴茎短小的原因主要有以下几点：1、垂体功能不足：垂体功能不足为最常见原因，如垂体发生功能障碍时，会导致下丘脑-垂体-性腺轴发生异常，如患者发生松果体肿瘤时，也会导致睾酮水平下降，发生阴茎发育障碍，出现小阴茎；2、双侧隐睾：由于双侧隐睾导致睾酮分泌减少，由于促性腺激素分泌正常，但由于睾酮对促性腺激素反应减弱，如睾丸下降不全或隐睾，就会出现睾酮分泌减少，会出现阴茎发育较小、小阴茎现象；3、染色体异常：如出现XXY染色体时，也会导致睾酮明显下降，会出现睾丸发育障碍，阴茎比同龄人阴茎短约2.5cm。患者出现上述症状时，需及时到儿科或泌尿外科就医，通过内分泌检查，多数患者可以找到阴茎短小的原因。