进行乳房穿刺活检时通常受检者会感受到疼痛，但多数人可以忍受，而少数人无法忍受。乳房穿刺包括细针穿刺及粗针穿刺，细针穿刺的疼痛程度相对较轻，与注射治疗的疼痛程度类似，但取得的组织较少，细胞学检查可能会出现假阴性，即穿刺结果相对不准确。粗针穿刺的穿刺结果相对较准确，但粗针穿刺较为疼痛。而目前麻醉药物效果较好，所以医生通常会给受检者进行局部麻醉，再进行乳房穿刺活检。