女性腹部两边疼痛的可能原因如下：1、溃疡性结肠炎：它的病变可以是从直肠一直到整个右半结肠的黏膜弥漫性病变，所以会引起腹部两边的疼痛，同时可能还会伴有黏液脓血便，该病一般通过结肠镜的检查，即能够排除或者确诊；2、小肠的弥漫性病变：如小肠炎症性疾病，包括克罗恩病、肠结核等，可引起小肠的弥漫性病变，从而引起腹部两侧的疼痛，需要通过消化道造影或者腹部CT检查确诊；3、肠功能紊乱：由自主神经功能紊乱所引起的肠功能紊乱，可导致肠管痉挛性收缩或者肠管胀气，可引起腹痛，患者可应用纠正肠功能紊乱的药物或者补充益生菌；4、其他原因：如盆腔炎，炎症会沿着盆腔，可能向两侧往上迁延，也可引起腹部两边的疼痛，甚至腰的疼痛，患者需要到妇科明确是否存在该病。