肛门内隐隐作痛具有较多原因导致，包括肛周感染性疾病、痔疮、炎症疾病，具体如下：1、肛周感染性疾病：如肛周脓肿、肛瘘、肛裂等，肛周可出现隐痛；2、痔疮：尤其血栓性痔，痔疮属于常见肛周疾病，由于肛下段或肛管周围静脉曲张，导致血管炎病变，属于团状血管静脉。若血管中出现血栓，便形成血栓性痔，特点为局部疼痛、包块。治疗主要以保守治疗为主，通过减少摄入辣椒、酒精等刺激性食物，保持大便通畅，同时配合应用痔疮药物，即可自行缓解；3、炎症疾病：包括肛瘘、肛周脓肿等，通常需进行切开引流，尤其肛瘘较难自行愈合，将漏管完整切开，使新生肉芽组织由内向外生成，进而漏管痊愈，肛门内疼痛感可逐渐缓解。